Prosessi perustuu kaksiasianosaissuhteelle ja on luonteeltaan suullista. Asianosaiset vastaavat todistelusta. Juttu voi päättyä ilman tuomiota, jos asianosainen hakee jutun päättämistä ilman tuomiota taikka jos asianosainen kuolee kesken jutun käsittelyn, osapuolet sopivat jutun tai jos vastaaja myöntää kanteen oikeaksi. Käsittely on pääsääntöisesti julkinen.
Hallintolainkäyttölain säännösten yleispiirteisyys on turvannut sen, että niitä on voitu soveltaa erilaisissa asiaryhmissä. Niitä on myös voitu soveltaa yleisten hallintotuomioistuinten ohella erityistuomioistuimissa ja valituksia käsittelevissä muutoksenhakulautakunnissa. Nykyisten menettelysäännösten yleispiirteisyys on kuitenkin mahdollistanut sen, että menettely on käytännössä muodostunut erilaiseksi eri hallintotuomioistuimissa. Yhtenä yleispiirteisyyden ongelmana on, että hallintoprosessia ei tunneta riittävästi hallintotuomioistuinten ulkopuolella. Valitusasiaansa hoitavat asianosaiset ja heidän asiamiehensä samoin kuin hallintoviranomaiset eivät aina ole selvillä prosessuaalisista oikeuksistaan ja velvollisuuksistaan.
EIT:n mukaan myöskään esimerkiksi pelkkä ajan säästäminen ei oikeuta oikeudenkäynnin vastavuoroisuudesta poikkeamiseen (EIT Zagrebačka Banka D.D. v. Kroatia 2013 ja EIT Nideröst Huber v. Sveitsi 1997).
Hallintotuomioistuin voisi myös ehdotetun lain mukaan ottaa rangaistuksen luonteisen hallinnollisen taloudellisen seuraamuksen käsittelyn viivästymisen huomioon ratkaisussaan. Hallinnollisen taloudellisen seuraamuksen lieventämisestä oikeudenkäynnin viivästymisen perusteella säädetään nykyisin hallintolainkäyttölain 53 a §:ssä.
Toimeentuloturva-asioita käsittelevät valtakunnalliset muutoksenhakulautakunnat toimivat ensimmäisenä valitusasteena asioissa, jotka koskevat esimerkiksi Kansaneläkelaitoksen hoitamia etuuksia, työttömyysturvaa, työeläkettä, lakisääteistä tapaturmavakuutusta ja opintotukea. Niissä ratkaistaan vuosittain yhteensä yli 40 000 valitusasiaa. Näitä lautakuntia on vuoden 2018 alusta lähtien neljä: sosiaaliturva-asioiden muutoksenhakulautakunta, työeläkeasioiden muutoksenhakulautakunta, tapaturma-asioiden muutoksenhakulautakunta ja opintotuen muutoksenhakulautakunta. Näissä lautakunnissa sovelletaan asioiden käsittelyssä pääasiassa hallintolainkäyttölakia, mutta niitä koskevassa lainsäädännössä on myös omia menettelysäännöksiä. Lautakuntien päätöksistä valitetaan vakuutusoikeuteen.
Muita hallintolainkäyttöasioita käsitteleviä muutoksenhakulautakuntia ovat esimerkiksi kutsunta-asiain keskuslautakunta, kuvaohjelmalautakunta ja tilintarkastuslautakunta. Näissäkin lautakunnissa sovelletaan asioiden käsittelyssä yleislakina hallintolainkäyttölakia. Valitukset näiden lautakuntien päätöksistä ohjautuvat korkeimpaan hallinto-oikeuteen.
Mikäli asianosainen ei vaadi suullista käsittelyä, sitä ei lähtökohtaisesti tarvitse järjestää (EIT Juricic v. Kroatia 2011).